1、增加土壤重金屬和有毒元素 產(chǎn)生污染的重金屬主要有Zn、Cu、Co和Cr。研究表明，無論是酸性土壤、微酸性土壤還是石灰性土壤，長期施用化肥還會造成土壤中重金屬元素的富集。如長期施用硝酸銨、磷酸銨、復合肥，可使土壤中As的含量達50~60 mg/kg。

　　2、加劇土壤酸化 長期施用化肥加速土壤酸化。一方面與氮肥在土壤中的硝化作用產(chǎn)生硝酸鹽的過程有關(guān)。首先是銨轉(zhuǎn)變成亞硝酸鹽，然后亞硝酸鹽再轉(zhuǎn)變成硝酸鹽，形成H+，導致土壤酸化。另一方面，一些生理酸性肥料如磷酸鈣、硫酸銨、氯化銨，在植物吸收肥料中的養(yǎng)分離子后，土壤中H+增多，許多耕地土壤的酸化與生理性肥料長期施用有關(guān)。同時，長期施用KCl，因作物選擇吸收所造成的生理酸性的影響，能使緩沖性小的中性土壤逐漸變酸。

　　3、導致土壤養(yǎng)分失調(diào) 從土壤養(yǎng)分平衡和持續(xù)利用等方面著眼，可以清楚地看到化肥的高濃度化既帶來了經(jīng)濟效益的提高又帶來了新的問題，即大量高濃度肥料的使用，增加了作物產(chǎn)量，同時也加大了土壤中微量元素的耗竭。

　　4、破壞土壤結(jié)構(gòu) 長期大量地使用氮肥特別是大量施用銨肥，銨離子進入土壤后在其硝化作用的過程中釋放出氫離子，使土壤逐漸酸化。銨離子能夠置換出土壤膠體微粒上起聯(lián)結(jié)作用的鈣離子，造成土壤顆粒分散，從而破壞了土壤團粒結(jié)構(gòu)，致使土壤嚴重板結(jié)，最終喪失了農(nóng)業(yè)耕種價值。